桐树科研 硕果累累 | 组织 血液全外显子基因检测助力肺癌脑转移的诊断和克隆进化路径
原文发表在 《Annals of Translational Medicine》
研究背景
肺癌转移是导致>70%肺癌患者死亡的原因，脑转移的危害尤其大。基因层面上的改变是驱动肿瘤发生的致病因素。因此，与肺癌脑转移相关的基因突变是预测转移和疗效的重要生物标志物。
由于组织和血液单独检测都具有一定的局限性，该研究纳入了12名病人，收集转移前后肺癌和肺癌脑转移的配对组织和血液检测。全外显子测序从1,220 个基因中检测到1,702 个单核苷酸变异 (SNV) 和 6,131 个突变事件。
研究发现
在肺癌中最高频突变的基因是AAK2K， 根据TCGA数据集AHNAK2在肺癌中的突变率为18.8%，而泛癌中的突变率为9.98%（P=7.2×10-9，卡方检验）。
在该研究中AHNAK2的突变频率高达26.9%，是TCGA数据集中LC群体的1.43倍，也许提示AAK2K是能预测脑转移的风险因子。
肺癌脑转移中最高频突变的基因KMT2C, AHNAK2, PDE4DIP, ANKRD36C 和 BAGE2等基因。
肺癌及肺癌脑转移组的基因突变特征与衰老、吸烟和BRCA1/2 突变相关，经过Wilcoxon 检验发现两组特征水平没有明显差异，表明突变特征的变化可能发生在转移前，因此两组没有巨大差异。
■ 进化研究发现，在这12名患者中有四种肺癌转移的模式：
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原发灶与转移灶进化路径相同
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转移灶有特有克隆
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原发灶特有克隆
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原发灶和转移灶同时具有特有克隆
可以通过检测提示特有克隆，从而知晓克隆进化类型。
■ Pearson 系数计算证实，原发灶的 TMB（肿瘤突变负荷）和转移灶 的 TMB 之间的高度相关性，表明当脑组织不可用时，可以通过肺癌原发灶的 TMB 估计转移灶的 TMB，从而筛选最有可能受益于程序性死亡配体 1 (PD-L1) 免疫疗法的患者。
■ WES技术在筛查范围和检出率等方面较其他测序技术具有明显的优势。应用WES 技术能够获得较传统Sanger等方法对编码区测序更深的覆盖度和更准确的数据。由于信息量的大幅度增加，WES可以获得更多个体的编码区信息，因此成为检测致病基因和易感基因位点的有效手段。
桐树基因3D科研模型
设计执行丨数据挖掘丨撰写投稿
提供一站式转化性研究服务
桐树基因作为一家深耕肿瘤精准医疗领域多年的创新型企业，始终紧跟国际研究前沿，在科研上倾注了大量的精力与资金。
搭建了以肿瘤进化论与肿瘤基因组学标本库为基础的转化性研究中心，从课题设计、研究执行（基因检测）、数据整理及挖掘、文章撰写、投稿修改，提供一站式转化性研究服务。
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桐树基因成立于2016年11月，是一家同时具备LDT+IVD双重能力的分子诊断企业。
桐树基因专注于肿瘤分子诊断的研发、生产、销售一体化，依托“多平台布局”的策略，先后开发了肿瘤微卫星不稳定MSI、ctDNA等多款重磅IVD诊断试剂盒。以NGS微量建库技术为核心壁垒的基因检测服务、以肿瘤基因组学标本库为基础的大数据转化研究中心构筑了其在行业中的竞争优势，并致力于成为千亿级的精准医学肿瘤市场的领导者之一。
